1978年12月14日，天祝藏族自治县人民检察院在中断11年后恢复重建。经过40多年的艰苦奋斗，现已步入自治县检察史上业务开展最全面、机构设置最精简、职能发挥最充分的黄金时期。现有办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、政治部5个内设机构和松山、炭山岭、哈溪、打柴沟、安远5个派驻乡镇检察室，在职干警38人，其中少数民族干警15人，党员干警28人。

近年来，天祝藏族自治县人民检察院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，紧扣“讲政治、顾大局、谋发展、重自强”总体要求和“两聚焦一结合”工作思路，围绕全县改革发展稳定大局，履职尽责强化监督，担当作为狠抓落实，各项检察工作取得了长足的进步，为自治县社会和谐稳定和经济健康有序发展提供了强有力的司法保障。该院注重将维稳意识和民族团结进步意识贯穿司法办案全过程各方面，把司法办案作为服务民生、保障大局的有力抓手，积极参与敏感期维稳执勤、严厉打击危害国家政治安全犯罪、有力保障“三大攻坚战”、全面服务保障民营经济发展、加强法律监督服务绿色发展、用心落实检察环节社会治理各项措施，得到了党委政府的充分肯定和人民群众的普遍赞赏。办理的2起破坏生态环境案件分别获评全省检察机关“十佳法律监督案件”和“十佳挂牌督办案件”、李某某国家司法救助案入选“全省检察机关深入推进国家司法救助助力脱贫攻坚战优秀案件”；全面落实高检院服务保障民营经济发展10条意见，办理的天祝县祁连镇石达板村查某某等26人破坏天祝三河源文化旅游有限责任公司防护设施案实现了“三个效果”的有机统一，既保障了企业有序发展，又实现了附近农牧民群众的脱贫增收；率先与与青海省互助县院建立协作机制，共同打击破坏生态环境和资源犯罪，助推祁连山生态和环境资源保护；有效落实“一号检察建议”，深入开展“法治进校园”巡讲活动，《我们都是一家人》成为全市检察机关唯一入选的省检察院优秀巡讲课程。该院坚持聚焦检察主责主业，忠实履行宪法法律赋予的监督职责，主动担当起司法公正的忠实推动者，切实维护人民群众的合法权益。以“执法办案优质、法律监督优效、社会治理优化、人权保障优先、队伍建设优秀”的五优标准做优刑事检察，所办刑事案件均做到实体公正、程序合法，无错捕错诉案件，批捕和起诉准确率100%，全面适用认罪认罚从宽制度，适用率93.94%，“案-件比”1:1.12，以“服务大局强、保障民生强、调查核实强、监督效果强、队伍素能强”的五强标准做强民事检察，民事检察实现了从小到大、从弱到强的转变。以“线索来源充实、调查核实扎实、办案效果确实、社会治理切实、队伍建设夯实”的五实标准做实行政检察，办理了一批行政机关不当履职案，助推法治政府建设，以“服务大局好、办案质效好、品牌打造好、队伍建设好、群众反映好”的五好标准做好公益诉讼检察，2起案件被评为“全省公益诉讼典型案例”。

1997年，天祝藏族自治县人民检察院被省检察院评为“全省检察系统先进集体”；2001年，被省检察院评为全省检察机关基层建设“五好检察院”；2002年，先后被评为全省、全国检察系统“计财装备工作先进集体”，被省检察院评为“甘肃省检察机关先进检察院”；2008年，荣获全省检察机关第六次“双先”表彰会“集体二等功；2009年，荣获全省检察机关反渎职侵权工作“集体二等功”；2011年荣获全省检察机关第七次双先表彰会“集体一等功”；2013年，“8.11”专案组被省检察院授予“集体二等功”；2015年，1名干警被高检院评为“全国检察机关减刑、假释、暂予监外执行专项检察活动先进个人”；2016年被省检察院评为“全省检察机关规范司法行为专项整治工作先进单位”；2017年，被省检察院评为“全省先进检察院”；2018年驻所检察室荣获全国二级检察室称号；2019年，被市检察院评为“先进基层院”。